Prescrição intercorrente da ação penal

Boa Tarde! Estou com um problema: Tenho um caso em que ocorreu a prescrição da pretenção punitiva, em sua modalidade INTERCORRENTE, entrementes, quando do julgamento da apelação criminal isso não foi mencionado, ocorrndo o Transito em julgado para a defesa. Pergunto: Como a prescrição intercorrente quando do julgamento da apelação criminal já havia ocorrido e não foi declarada, ainda é possível pleiteá-la por meio de Habeas Corpus, mesmo tendo ocorrido o transito em julgado? É de meu conhecimento o instituto da prescrição executória, todavia, acredito que este lapso ainda não tenha ocorrido. Por gentiliza, ajudem-me a resolver esse problema. Estou cursando o 5º ano da faculdade de Direito. Muito obrigado!