PrescriÇÃo Da PretensÃo Punitiva

Tenho dúvidas quanto à aplicabilidade da prescrição retroativa da pretensão punitiva:
"Conta-se o prazo para o passado da decisão de 1.ª ou 2.ª instância à data do recebimento da denùncia, ou desta aos fatos."
Requisitos: Ter transitado em julgado para a acusação ou improvido o seu recurso, verifica-se o quantum da pena imposta a seguir adequa-se o prazo num dos incisos do art. 109 do CP.
No caso de alguém ter sido denunciado em: hipótese 05/2003; sentença condenatória de 1.º grau em 10/2006; a acusação não apelou
a defesa apelou e no 2.º grau em data de 12/2008 a sentença não modificou. A sentença é maior que 1A e inferior a 2A.
Poderá ser aplicada a Súmula 146 do STF, pelo prazo decorrido entre a sentença de 2.º Grau de 12/2008 à denúncia 05/2003?
Qual será o caminho correto a seguir: HC de trancamento da ação penal no STJ?

Agradeço as manifestações.